iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation）技術是由美國應用生物系統公司ABI 研發的一種多肽體外標記技術。

SILAC的是分別用天然同位素(輕型)或穩定同位素(重型)標記的必需氨基酸取代細胞培養基中相應氨基酸，細胞經5-6個倍增周期后，穩定同位素的氨基酸完全摻入到細胞新合成的蛋白質中替代了原有氨基酸。不同標記細胞的裂解蛋白按細胞數或蛋白量等比例混合，經分離、純化后進行質譜鑒定。

Label free是—蛋白質非標記標記技術越來越受到關注，它克服了傳統的同位素標記的缺點，即過高的樣品濃度, 復雜的實驗方案及價格過高的原料等，該方法具有速度更快，更簡潔及更簡明的結果等優點，大有取代同位素標記技術。

SWATH技術具有靈敏度高，重現性強，準確度高，高通量，線性動態范圍大等優點。

蛋白質經過蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，在質譜儀中肽段混合物電離形成帶電離子，質譜分析器的電場、磁場將具有特定質量與電荷比值（即質荷比，M/Z）的肽段離子分離開來，經過檢測器收集分離的離子，確定每個離子的M/Z值。經過質量分析器可分析出每個肽段的M/Z，得到蛋白質所有肽段的M/Z圖譜，即蛋白質的一級質譜峰圖。